พระอุโบสถของวัดนิเวศธรรมประวัติเป็นอาคารที่มีโดมหอคอยปลายแหลมแบบสถาปัตยกรรมแบบตะวันตก ภายใต้โดมมีหอนาฬิกาและระฆังชุด เหนือขึ้นไปประดิษฐานพระบรมสารริกธาตุ จึงดูคล้ายพระเจดีย์ในวัด พระประธานของพระอุโบสถวัดนิเวศธรรมประวัติคือพระพุทธนฤมลธรรโมภาส พระประธานและพระสาวกนี้มิได้ประดิษฐานบนฐานชุกชีอย่างในพระอุโบสถทั่วไป แต่ทำให้เมือนที่ตั้งไม้กางเขนแทน หากเข้ามาในโบสถ์ให้มองย้อนกลับไปแล้วมองขึ้นไปด้านบน จะเป็นภาพประดิษฐ์กระจกสีสเตนกลาสพระบรมสาทิสลักษณ์ของรัชกาลที่ 5 ในการพระราชพิธีบรมราชาภิเษก ทางด้านนอกขวามือของพระอุโบสถเป็นหอประดิษฐานพระคันธารราฐ ซึ่งเป็นพระพุทธรูปยืนปางขอฝน

เป็นตำหนักสีเหลืองสดใสตั้งอยู่ด้านหลังของพระอุโบสถ แรกสร้างเพื่อใช้เป็นกุฏิเจ้าอาวาส แต่มีขนาดเล็กจึงปรับเปลี่ยนใช้เป็นพระตำหนักประทับสำหรับสมาชิกราชกุลที่ทรงผนวช สมเด็จพระกรมพระยาดำรงราชานุภาพได้ทรงผนวชที่วัดนิเวศธรรมประวัติและประทับที่ตำหนักแห่งนี้ เรียกว่า ตำหนักสมเด็จ ในระหว่างที่สมเด็จพระกรมพระยาดำรงราชานุภาพได้ทรงผนวชและจำพรรษาอยู่ที่วัดนเวศธรรมประวัติแห่งนี้ ทรงนิพนธ์หนังสือแบบเรียนเล่มที่ 1 ขึ้น แล้วทรงออกสอนนักเรียนที่เป็นลูกชาวบ้านละแวกนั้นเป็นครั้งแรกในประเทศไทย ซึ่งเป็นแบบเรียนภาษาไทยที่เรียกว่า “ตำราเรียนเร็ว”

ตั้งอยู่ข้างพระอุโบสถ เป็นสวนหินที่รวบรวมมู่ก้อนศิลาใหญ่น้อย และพระธรรมเจดีย์เป็นที่บรรจุพระอัฐิเจ้าจอมมารดาชุ่มพระสนมเอก รัชกาลที่ 4 เจ้าจอมมารดาของสมเด็จพระยาดำรงราชานุภาพ

เนื่องจากวัดนิเวศธรรมประวัติตั้งอยู่บนเกาะกลางน้ำ ทางเดียวที่จะสัญจรข้ามไปมาได้คือการนั่งกระเช้าข้ามแม่น้ำไปเท่านั้น ซึ่งเป็นกระเช้าเล็กจุคนได้ไม่เกิน 10 คน ชักรอกข้ามไปมาด้วยไฟฟ้าโดยจะมีพระคุมอยู่ฝั่งวัด มีจำนวนสองกระเช้า เมื่อข้ามเสร็จสามารถบริจาคเงินค่าไฟฟ้ากระเช้าโดยจะมีกล่องให้หยอดเงินตามศรัทธา

ตั้งอยู้ท้ายเกาะวัดนิเวศธรรมประวัติราชวรวิหาร ประภาคารเป็นโบราณสถานที่พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงโปรดให้สร้างขึ้นเมื่อพุทธศักราช 2420 เพื่ออำนวยความสะดวกให้ผู้คนที่สัญจรไปมาทางเรือ และเพื่ออำนวยความสะดวกในการเสด็จประพาสทางชลมารค ประภาคารจะมีไฟอยู่ด้านบนเพื่อแสดงให้คนที่สัญจรไปมาได้เห็นว่ามีเกาะอยู่กลางแม่น้ำเจ้าพระยา เรือจะได้ไม่ชนเกาะ ในระยะแรกจะมีเจ้าหน้าที่จากพระราชวังคอยเฝ้า ต่อมาใช้เด็กวัดชักรอกตะเกียงลงมาเพื่อเติมน้ำมันมะพร้าวและจุดไฟบนยอดประภาคารทุกวัน ปัจจุบันประภาคารดังกล่าวได้เลิกใช้แล้ว เนื่องจากกิจการเดินเรือในแม่น้ำหมดลดลง