เจดีย์ภูเขาทอง คาดว่าได้รับการบูรณปฏิสังขรณ์ให้เป็นมหาเจดีย์สูงเด่นในระหว่างรัชสมัยพระมหาธรรมราชาถึงสมัยพระเพทราชา (ระหว่าง พ.ศ.2112 – 2246) และมีการบูรณปฏิสังขรณ์ใหญ่อีกครั้งในสมัยพระเจ้าบรมโกศ หรืออยุธยาตอนปลาย มีลักษณะเป็นฐานทักษิณ 4 ชั้น รูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส ทั้ง 4 ด้านมีบันไดขึ้นไปจนถึงฐานทักษิณชั้นบนสุด มีฐานสี่เหลี่ยมขององค์เจดีย์ที่มีอุโมงค์รูปโค้งเข้าไปข้างใน ซึ่งมีพระพุทะรูปประดิษฐานอยู่ 1 องค์ สูงขึ้นไปเป็นฐานแปดเหลี่ยม องค์ระฆัง บัลลังก์ ส่วนเหนือขึ้นไปที่เป็นปล้องไฉน ปลียอด และลูกแก้วนั้น ของเดิมได้พังไปแล้วตั้งแต่สมัยต้นรัตนโกสินทร์ ซึ่งได้มีการซ่อมแซมขึ้นใหม่ในสมัยรัฐบาลจอมพล ป.พิบูลสงคราม เมื่อปี พ.ศ.2499 ในครั้งนั้น ได้ทำลูกแก้วด้วยทองคำหนัก 2,500 กรัม อันหมายถึง การบูรณะในวาระฉลอง 25 พุทธศตวรรษของไทยนั่นเอง

หากมองจากด้านล่างจะเห็นว่าเจดีย์ภูเขาทองมีลักษณะเอียงเล็กน้อย อันเนื่องมาจากฐานที่ทรุดลง

เมื่อเดินเข้ามาภายในวัดทางที่ไปหอสวดมนต์จะพบกับโบราณสถานเรียงรายอยู่สองข้างทาง อาทิ วิหารแกลบ เป็นอาคารรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า มีฐานชุกชีสำหรับประดิษฐานพระพุทธรูป หรือ เจดีย์ราย เป็นเจดีย์ย่อมุมไม้สิบสอง ที่เรือนธาตุก่อเป็นซุ้มคูหา สันนิษฐานว่าเพื่อสำหรับประดิษฐานพระพุทธรูปปูนปั้น

อยู่ชั้นบนของหอสวดมนต์ มีอยู่ด้วยกันสองจุด จุดแรกอยู่ที่หน้่าประตูให้สังเกตที่พื้นและบนฝาผนัง จุดที่สองอยู่ในห้องด้านใน ที่จุดนี้จะเห็นรอยพญานาคบนผนังสีขาวชัดเจนมาก

ภายในห้องพระอุโบสถของวัดภูเขาทองจะมีภาพบรรยากาศค่อนข้างอึมครึม พระพุทธรูปในพระอุโบสถนั้นแบ่งออกเป็นสามตอน โดยตอนที่หนึ่งจะพบกับพระพุทธรูปแถวหน้า หลวงพ่อขาว หลวงพ่อเสือ  พระพุทธรูปตอนที่สองจะพบกับหรือพระพุทธรูปแถวกลาง 3 องค์ พระศิลปะสุโขทัย รอยพระพุทธบาทจำลอง ด้านล่างใต้รอยพระพุทธบาทคือปู่ฤาษีตาไฟ พระพุทธรูปตอนที่สามจะพบกับองค์พระประธาน หลวงพ่อเชียงแสน