เป็นปรางค์เก่าแก่ที่สร้างด้วยอิฐฉาบปูน มีความสูง 24 เมตร  จำลองแบบมาจาก นครวัด สันนิษฐานกันว่าสร้างมาตั้งแต่สมัยขอมเรืองอำนาจในแหลมสุวรรณภูมิ ปรางค์ประธานและปรางค์บริวาร ทิศใต้ ทิศตะวันตก ทิศเหนือตั้งอยู่บนฐานเดียวกัน ส่วนทางทิศตะวันออกมีมุขยื่นออกมา มีบันไดขึ้นฐานเรือนธาตุและส่วนยอดประดับด้วยลายปูนปั้น ภายในองค์ปรางค์ประธานมีคูหาเชื่อมถึงกัน ผนังส่วนบนเขียนภาพอดีตพระพุทธเจ้าในซุ้มเรือนแก้วเป็นแถวเรียงต่อกัน ตอนล่างเป็นพุทธประวัติ สันนิษฐานว่าเขียนพร้อมกับการสร้างองค์ปรางค์ และซ่อมแซมพร้อมกับองค์ปรางค์ในเวลาต่อมาราวพุทธศตวรรษที่ 22 บริเวณฐานระเบียงมีทางเดินได้รอบลานพระปรางค์ มีเจดีย์ซุ้มทั้งสี่ด้าน

พระมงคลบุรี  พระศรีนัคร์ เป็นพระพุทธรูปปูนปั้นศิลปอยุธยาตอนต้น มีเอกลักษณ์ของพระอู่ทองยุคหลัง เป็นพระพุทธรูปแบบหันหลังชนกัน ในสมัยรัตนโกสินทร์มีการประดิษฐานพระไว้สี่มุมเมือง เรียกพระรักษาเมือง(พระสี่มุมเมือง) แบบเดียวกับยุคทวารวดี ทางทิศตะวันตกอยู่ที่จังหวัดราชบุรีหรือที่ พระวิหารหลวงในวัดมหาธาตุวรวิหารแห่งนี้ เรียกว่าพระมงคลบุรี หันหน้าสู่ทิศตะวันออก ด้านหลังสร้างไว้อีกองค์หนึ่งหันหน้าสู่ทิศตะวันตก หันหลังให้กัน ความหมาย คือ อาราธนาให้ช่วยระวังภัยพิบัติหน้าหลัง เรียกพระรักษาเมือง ตามความเชื่อของคนสมัยอยุธยา

ปัจจุบัน พระมงคลบุรี  และพระศรีนัคร์  ได้รับการปฏิสังขรณ์ปิดทอง ในปี พ.ศ. 2555

เป็นพระพุทธรูปสร้างในสมัยอยุธยา ความยาวตั้งแต่พระเกตุถึงพระบาท 127 คืบ 9 นิ้ว มีการบูรณะในสมัยเจ้าอธิการแพ ปุณณชาโต เจ้าอาวาสรูปที่ 3 และมีการบูรณะอีกครั้งในปี พ.ศ.2526 พระพุทธไสยาสน์องค์นี้ประดิษฐานอยู่ในระเบียงคดด้านหน้าปรางค์มหาธาตุ