ภายในพระอุโบสถประดิษฐานพระประธาน  หลวงพ่อสมใจนึก หรือ พระพุทธเชียงแสนสิงห์หนึ่ง  มีลักษณะแบบปางมารวิชัยนั่งขัดสมาธิราบ  หล่อด้วยโลหะปูนผสมเกศาดอกบัวตูม และลงรักปิดทองทับอีก มีขนาดหน้าตักกว้าง 1.90 เมตร สูง 2.20 เมตร เป็น ซึ่งสร้างขึ้นในปี พ.ศ.1839-1840 เป็นพระพุทธรูปเปลี่ยนพระพักตร์ได้ 9 หน้า เช่น หน้าบึ้ง หน้าขรึม น้ำตาไหล ยิ้มได้ตลอดกาล ด้วยเหตุเพราะการเข้าเยี่ยมชมจะมีพระทำการเปิดปิดไฟในพระอุโบสถในมุมไฟต่างๆ ทำให้พระพักตร์ของหลวงพ่อสมใจนึกมีลักษณะแตกต่างกันไปตามมุมของแสง

พระเจดีย์ของวัดอุโมงค์มหาเถรจันทร์ มี 2 องค์ พระเจดีย์อุโมงค์องค์ที่ 1 ตั้งอยู่ทางทิศใต้ของวิหารหลวง เมื่อปี พ.ศ.1910 พระเจ้ากือนา หรือ พญากือนา กษัตริย์ผู้ครองเมืองเชียงใหม่ องค์ที่ 6 ได้บูรณะถวายท่านมหาเถรจันทร์ เจ้าอาวาสวัดโพธิ์น้อยในขณะนั้น เมื่อบูรณะเสร็จ จึงเปลี่ยนชื่อวัดโพธิ์น้อยเป็นวัดอุโมงมหาเถรจันทร์  ส่วนพระเจดีย์องค์ที่ 2 ซึ่งตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกของวิหารหลวง สร้างเมื่อปี พ.ศ. 1916

ภายในพระวิหารหลวงของ วัดอุโมงค์มหาเถรจันทร์ ประดิษฐานพระประธาน พระพุทธปฏิมากร (หลวงพ่อโต หรือ หลวงพ่อใหญ่)  หล่อด้วยปูนลงรักปิดทอง เกศาแบบเปลวเพลิง มีขนาดหน้าตัก 2.90 เมตร สูง 3.70 เมตร เป็นพระประธานในพระวิหารหลวง สร้างราวปี พ.ศ.1910-1914 ด้านหน้าหลวงพ่อโต ประดิษฐานพระพุทธรูปเชียงแสนสิงห์สามแบบปางมารวิชัย หล่อด้วยโลหะทองสัมฤทธิ์รมดำเกศาดอกบัวตูม มีขนาดกว้าง 77 เซนติเมตร สูง 1.05 เมตร