อุโมงค์ในวัดอุโมงค์ สร้างขึ้นในสมัยพระเจ้ากือนาธรรมิกราช เป็นส่วนหนึ่งของการบูรณะวัดอุโมงค์ สร้างขึ้นเพื่อถวายเพื่อให้พระมหาเถรจันทร์ ผู้เชี่ยวชาญในพระไตรปิฏกอาศัย โดยได้สร้างอุโมงค์ขนาดใหญ่ ถัดจากฐานพระเจดีย์ด้านเหนือขึ้นหนึ่งอุโมงค์ อุโมงค์ที่ทรงสร้างขึ้นใหม่นี้ทั้งใหญ่และสวยงามมากมีทางเข้าออก 4 ช่อง แต่ละช่องเดินติดต่อกันได้ทั่วถึง ข้างฝาผนังด้านในอุโมงค์ก็เจาะช่องสำหรับจุดประทีปให้เกิดความสว่างเป็นระยะ เพื่อให้สะดวกแก่พระเดินในการจงกรมและภาวนาอยู่ข้างใน เพดานอุโมงค์เขียนภาพต่างๆ ด้วยสีน้ำมันไว้ตลอดทั้ง 2 ช่อง โดยเน้นที่สีเขียวและแดง ฝีมือที่เขียนดูจะเป็นช่างจีนผสมช่างไทย

ปัจจุบันภายในอุโมงค์มีจิตรกรรมฝาผนังซึ่งอยู่ในสภาพที่ชำรุดลบเลือนมาก เดิมนั้นเกิดการสะสมของหินปูนที่เคลือบลายจิตรกรรมจนมองด้วยตาเปล่าไม่เห็นสาเหตุเพราะน้ำที่รั่วซึมลงมา เมื่อนำคราบหินปูนออกจึงปรากฏภาพจิตรกรรมที่สวยงาม อาทิ ภาพจิตรกรรมนกสลับดอกโบตั๋น ภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายประจำยาม และภาพจิตรกรรมดอกบัวสลับลายเมฆ สามารถดูโครงการ “ย้อนรอยอดีตจิตรกรรมวัดอุโมงค์” ทีทำให้เห็นภาพจำลองจิตรกรรมสมัยหลายร้อยปีด้วยคอมพิวเตอร์ได้ที่ www.umongpainting.com

จิตรกรรมฝาผนังวัดอุโมงค์ในส่วนที่เหลือหลักฐานให้ชมในปัจจุบันอยู่บริเวณเพดานโค้งภายในอุโมงค์ ตัวอุโมงค์ตั้งอยู่บริเวณต่อเนื่องกับเจดีย์ทางทิศเหนือ โดยหันทางเข้าหลักไปยังทิศตะวันออกจำนวน 3 อุโมงค์ในด้านหน้า ซึ่งอุโมงค์กลาง (อุโมงค์ที่ 4) มีขนาดใหญ่ที่สุด ซึ่งสามารถเห็นได้ เพียง 3 อุโมงค์เท่านั้น คือ อุโมงค์ที่ 1, 2, และ 3

เจดีย์ในวัดอุโมงค์เป็นเจดีย์ทรงระฆังกลม มีบันไดนาคเป็นทางขึ้นลงอยู่ทางทิศใต้ ได้รับอิทธิพลจากศิลปะพม่าแบบพุกาม ได้มีการปรับเปลี่ยนแบบของเจดีย์ตามแต่ละยุคสมัย แรกเริ่มก่อสร้างเริ่มขึ้นในสมัยของพระเจ้ามังรายโดยมีโครงสร้างเป็นเจดีย์ทรงระฆัง ทรวดทรงแบบพระเจดีย์ในเมืองลังกา ต่อมาได้รับการบูรณะในสมัยของพระเมืองแก้ว มีการปั้นปูนประดับลวดลายที่ส่วนฐานใต้ทรงระฆัง มีการปรับเปลี่ยนที่ทรงกรวยซึ่งเป็นส่วนบนของเจดีย์ โดยประดับรูปกลีบบัวทรงยาวตามแบบอย่างของเจดีย์มอญพม่า

บริเวณด้านข้างของทางเข้าอุโมงค์ เป็นลานกลางแจ้งที่มีเศียรพระพุทธรูปวางอยู่เรียงรายเป็นพื้นที่บริเวณกว้าง เป็นจุดที่น่าสนใจอีกแห่งสำหรับคนที่มาเที่ยวชมที่วัดอุโมงค์ โดยเฉพาะเศียรพระพุทธรูปขนาดใหญ่วางคู่กับเศียรพระพุทธรูปและหินแกะสลักอย่างระเกะระกะ เศียรพระพุทธรูปเหล่านี้สร้างขึ้นโดยช่างสกุลพะเยาประมาณปี พ.ศ. 1950 – พ.ศ. 2100 เจ้าชื่น สิโรรส และผู้ศรัทธาวัดอุโมงค์ได้ทยอยนำมาจากวัดร้างในพะเยาเมื่อประมาณปี พ.ศ. 2511 – พ.ศ. 2513

เสาอโศกที่อยู่ภายในวัดอุโมงค์เป็นเสาจำลองสร้างเมื่อ พ.ศ. 2507 เพื่อเป็นเครื่องระลึกถึง พระเจ้าอโศกมหาราชผู้เป็นเอกอัครศาสนูปถัมภกและเป็นผู้เผยแผ่พระพุทธศาสนาองค์แรกของโลก ซึ่งเสาอโศกเป็นเครื่องหมายอันสำคัญดังเช่นที่ค้นพบที่อินเดียและเนปาล เมื่อเสาอโศกตั้งอยู่ที่ใดหมายถึงสถานที่นั้นมีความสำคัญกับองค์สมเด็จสัมมาสัมพุทธเจ้าและพระพุทธศาสนา

พิพิธภัณฑ์วัดอุโมงค์หรือ พิพิธภัณฑ์เฉลิมพระเกียรติฯ ตั้งอยู่ข้างๆอุโมงค์และพระเจดีย์ เปิดให้ชม วันเสาร์ อาทิตย์ และวันหยุดนักขัตฤกษ์ เวลา 09:00 – 12:00 และ 13:00 -16:00

เป็นอาคาร 2 ชั้น หลังคาทรงไทย เนื้อที่ชั้นล่างเป็นห้องสมุดบริการหนังสือธรรมในศาสนาพุทธ พื้นที่บนชั้นสองจัดเป็นพิพิธภัณฑ์ จัดแสดงศิลปวัตถุที่นำมาจัดแสดงเป็นของที่พบในบริเวณวัดอุโมงค์ นอกจากนั้นยังวัตถุที่เป็นของใช้ในวัด อาทิ กลุ่มพระพุทธรูปทำด้วยทองแดง ทองเหลือง เชี่ยนหมากสำริด ไม้แกะสลัก เครื่องปั้นดินเผาโบราณ เครื่องทอง เครื่องเงิน เครื่องเขิน อาวุธ เอกสารตัวเขียน ภาพถ่ายจิตรกรรมฝาผนังรูปนกในอุโมงค์ของวัดอุโมงค์ รูปเทพชุมนุมในกรุวัดอุโมงค์ เป็นต้น

หอธรรมโฆษณ์เปิดทุกวันยกเว้นวันพระ เวลา 08.30-16.00 น.