พระมหาเจดีย์หอยสร้างจากเปลือกหอยนางรมยักษ์ที่มีอายุราว 8 ล้านปีกองรวมกันก่อเป็นรูปเจดีย์ทรงระฆัง  พระมหาเจดีย์หอยถือเป็นสถาปัตยกรรมที่มีหนึ่งเดียวประเทศ จากการศึกษาทางด้านธรณีวิทยาพบว่าส่วนของกรุงเทพฯและปริมณฑลต่างเคยเป็นทะเลมาก่อน และบริเวณนี้มีการค้นพบซากดึกดำบรรพ์หอยนางรม (Oyster fossils) รวมถึงที่อื่นๆในบริเวณเดียวกัน  การสร้างเจดีย์หอยสามารถดึงจิตศรัทธาของประชาชนเข้าวัด  เจดีย์หอยมีอยู่ด้วยกันสององค์ องค์แรกมีขนาดเล็กตั้งอยู่หน้าทางเข้าวัด อีกองค์ได้ทรุดโทรมไปจากการเกิดน้ำท่วมใหญ่เมื่อปี พ.ศ. 2554 จึงมีการก่อสร้างใหม่ ปัจจุบันกำลังอยู่ระหว่างการบูรณะก่อสร้าง ซึ่งเมื่อเสร็จเจดีย์องค์ใหม่นี้จะมีความสูงถึง 59 เมตรประชาชนสามารถร่วมจารึกชื่อในการสร้างพระมหาเจดีย์หอยได้โดยการเขียนลงไปที่ฝาหอยนางรม สามารถบริจาคได้ตามกำลังศรัทธา (ข้อมูลอัปเดตเมื่อปี 2012)

ที่สระน้ำใหย๋ภายในวัดเจดีย์หอยคือพื้นที่ที่พบเจอซากฟอสซิลของหอยนางรมยักษ์จำนวนมากมาย มีการใช้รถแมคโครขุดลึกลงไปถึงความลึกระดับประมาณ 6-8  เมตร (บ้างก็ว่า 18 เมตร) ตามข้อมูลการค้นพบสถานที่แห่งนี้ ครั้งเมื่อพระอาจารย์ทองกลึง สุนทโร เมื่ออกธุดงค์ได้เกิดนิมิตระหว่างทาง ให้ท่านไปหาที่สร้างวัดใหม่ขึ้นที่เขตอำเภอลาดหลุมแก้ว สถานที่แห่งนี้มีขุมทรัพย์ แต่ไม่ทราบแน่ชัดถึงสถานที่ ท่านจึงได้เดินทางมาในลักษณะธุดงค์ซึ่งสมัยก่อนกันดารเป็นอย่งมาก ได้พบกับคุณเฉลิมผู้กว้างขวางและได้ติดต่อซื้อที่แห่งนี้ ขณะที่ลงมือปรับสถานที่เพื่อปลูกพืชสมุนไพร เมื่อขุดดินได้สัก 3 วา ก็พบเปลือกหอยขนาดใหญ่จำนวนมากมาย ปัจจุบันก็ยังมีซากหอยฟอสซิลนี้อยู่ในสระแต่ยุติการขุดแล้ว สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯสยามบรมราชกุมารี ได้ทรงเสด็จทอดพระเนตรการขุดซากหอยนางรมยักษ์เมื่อวันที่ 7 เมษายน พ.ศ.2538 ทางวัดจึงยกเลิกการขุดนับแต่บัดนั้นเพื่อเป็นมงคล ปัจจุบันทางวัดเจดีย์หอยได้ทำทางเดินไปยังศาลากลางน้ำ มีบ่อเต่า บ่อเลี้ยงปลาสวาย ให้ประชาชนทั่วไปมาให้อาหารเลี้ยงได้

พระอุโบสถของวัดเจดีย์หอย ได้มีการประดิษฐานพระพุทธนฤมิตรัตนชนะมาร องค์ใหญ่ เป็นพระประธานในอุโบสถสีทองอร่าม  ประชาชนนิยมบูชาวัตถุมงคลพระเครื่อง รูปหล่อพระประธาน พระพุทธนฤมิตรัตนชนะมาร(หลวงพ่อชนะมาร) เพื่อเป็นสิริมงคล

ในศาลาพิพิธภัณฑ์จะเป็นลักษณะการวางสิ่งของกองไว้  โดยจัดแบ่งเป็นกลุ่มๆ อาทิ โอ่งโบราณที่มีรอยเปลือกหอยเกาะ สิ่งของเครื่องใช้พื้นบ้าน  ถ้วยดินเผา ตุ่ม หม้อ ไหโบราณ เปลือกหอยและซากสิ่งมีชีวิต เป็นต้น ซึ่งเกิดผู้คนนำสิ่งของมาบริจาคให้กับวัด  และการจัดซื้อจัดหาของวัดและมีคนนำมาขาย  นอกจากนั้นในบริวเณวัดเรายังมีโอกาสเห็นของโบราณหายากอีกมาย โดยเฉพาะโต๊ะไม้ขนาดใหญ่ที่ทำจากไม้แผ่นเดียว ปัจจุบันถือว่ามีมูลค่าอย่างมาก

อยู่ระหว่างการก่อสร้างเช่นกัน โดยส่วนหนึ่งได้รับงบประมาณสนับสนุนจากทาง อบจ. อยู่ติดกับเจดีย์หอย (ข้อมูลอัปเดตเมื่อปี 2012 )

ใกล้กับพิพิธภัณฑ์ของเก่าโบราณจะเป็นห้องอบสมุนไพร  มีเตาฟืนไอน้ำขนาดใหญ่ มีผู้คนมาใช้บริการเป็นจำนวนไม่น้อย โดยสรรพคุณการรักษาคือ รักษาอาการปวดเมื่อย ภูมิแพ้ สมองไม่ปลอดโปร่ง  สมุนไพรหลักที่ใช้ได้แก่ มะกรูด ตะไคร้  ขมิ้น ฯ ห้ามหญิงมีครรภ์ ผู้ที่มีโรคความดัน  โรคติดต่อและโรคผิวหนังร้ายแรงมาใช้บริการ ใกล้กันเป็นศาลานวดจับเส้น เคล็ด-ขัด-ยอก แก้ปวดเมื่อยตามร่างกาย