ในรัชสมัยของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชทรงให้สร้างพระเจดีย์ใหญ่ขึ้นที่วัดนี้เพื่อเป็นอนุสรณ์แห่งชัยชนะหลังจากทรงทำศึกยุทธหัตถีชนะพระมหาอุปราชแห่งพม่าที่เมืองสุพรรณบุรี มีชื่อเจดีย์ว่า “ชัยมงคล” โดยสร้างให้มีขนาดสูงกว่าพระเจดีย์ภูเขาทองที่อยู่ทางตะวันตก ทั้งนี้เพื่อจะได้เป็นเครื่องล้างความอัปยศอดสูของชาติไทย เหตุเพราะเจดีย์ภูเขาทองคือเจดีย์แบบมอญที่พระเจ้าบุเรงนองได้สร้างขึ้นเป็นอนุสรณ์แห่งชัยชนะของพม่าเหนือกรุงศรีอยุธยา และเพื่อเป็นเครื่องให้เกิดกำลังใจแก่คนไทยทั้งชาติอีกด้วย นับว่าเป็นพระบรมราโชบายอันลึกซึ้ง และมีประโยชน์ต่อชาติไทยจนตราบทุกวันนี้

มีข้อสันนิษฐานว่าพระมหาเจดีย์ที่เห็นกันอยู่ในปัจจุบันนั้นน่าจะเป็นศิลปะในสมัยพระนารายณ์ลงมา หรือเป็นศิลปะสมัยอยุธยาตอนปลาย แม้หลักฐานตำนานและพงศาวดารจะระบุว่าวัดนี้สร้างขึ้นตั้งแต่สมัยต้นอยุธยา แต่สิ่งก่อสร้างต่างๆ มีการบูรณปฏิสังขรณ์เปลี่ยนแปลงเรื่อยมาในทุกยุคทุกสมัย

วิหารพระนอนขนาดใหญ่ที่ปรักหักพัง มีพระนอนหรือพระไสยาสน์หันพระพักตร์ไปทางทิศตะวันออก พระเศียรไปทางทิศใต้ สำหรับเป็นที่สักการะบูชา และปฏิบัติพระกรรมฐาน ซึ่งองค์เดิมนั้นได้ถูกนักแสวงโชคขุดทำลายจนพังไปหมดแล้ว องค์ปัจจุบันเป็นองค์ที่สร้างขึ้นใหม่

เวลาที่เหมาะสมในการถ่ายภาพคือ ช่วงเช้า

พระอุโบสถอยู่ด้านหน้าของพระมหาเจดีย์ กำแพงด้านข้างทั้งสองของพระอุโบสถหลังเดิมยังได้รับการรักษาไว้โดยสร้างอุโบสถหลังใหม่ซ้อนขึ้นมา เชื่อกันว่านี่คือพระอุโบสถที่เหล่าขุนนางและพระเฑียรราชา (ต่อมาคือ พระมหาจักรพรรดิ) ได้มาชุมนุมกันเสี่ยงเทียน เพื่อตัดสินใจว่าจะร่วมกันทำการยึดอำนาจจากองค์กษัตริย์ขุนวรวงศาธิราชและพระแม่เจ้าอยู่หัวศรีสุดาจันทร์หรือไม่

ทางวัดใหญ่ชัยมงคลได้สร้างพระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรประดิษฐานไว้ เนื่องจากเชื่อกันว่าพระองค์โปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระเจดีย์ชัยมงคลขึ้น

ที่ด้านหน้าใกล้กับวิหารพระนอนมี ศาลเจ้าพ่อสิทธิชัย เล่าขานเป็นตำนานว่า เป็นโอรสในครรภ์ของพระนางเรือล่ม หรือสมเด็จพระนางเจ้าสุนันทากุมารีรัตน์ พระบรมราชเทวี อัครมเหสีของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 ซึ่งเรือที่ประทับขณะเสด็จมายังพระราชวังบางปะอิน ได้ล่มกลางแม่น้ำเจ้าพระยา เมื่อปี พ.ศ.2423 ขณะมีพระชันษาเพียง 21 ปี ศาลเจ้าแห่งนี้ชาวบ้านมักแก้บนด้วยตุ๊กตาเด็กเล่นเป็นสำคัญ ซึ่งทางวัดจะรวบรวมของแก้บนเหล่านี้ไปบริจาคให้เด็กๆ ที่ยากจนต่อไป