ภายในอุโบสถวัดใหญ่อินทรารามมีภาพจิตรกรรมฝาผนังซึ่งเป็นมรดกของชาติ ตลอดทั้ง 4 ด้านภายในอุโบสถมีภาพมารผจญขนาดใหญ่เต็มผนัง เหนือกรอบเช็ดหน้าของหน้าต่าง ขึ้นไปจนจรดเพดาน เขียนเป็นภาพเทพชุมนุมเรียงกันเป็น 3 ชั้น หันหน้าไปทางองค์ พระประธาน ส่วนล่างที่เรียกว่าห้องภาพคือ พื้นที่ว่างระหว่างหน้าต่างแต่ละช่องนั้น เขียนเป็นชาดก จากทศชาติ อาทิ พระเวสสันดร

การใช้สีและเส้นแบ่งออกเป็นหลายลักษณะเช่น ภาพทศชาติใช้สีน้ำตาลอ่อน สีขาวนวล เป็นส่วนใหญ่ ส่วนอื่น ๆ ใช้สีตามแบบประเพณีนิยม คือน้ำตาลปนเทา น้ำตาลปนแดง น้ำเงินปนเทา และเขียวเข้ม ภาพเขียนนี้ได้รับการซ่อมแซมหลายครั้ง บางแห่งซ่อมตามเค้าโครงเดิม บางแห่งเขียนขึ้นใหม่ตามช่วงเวลา ดังนั้นภาพเขียนสีในอุโบสถวัดใหญ่อินทรารามจึงมีคุณค่าในด้านการศึกษาเปรียบเทียบถึงวิวัฒนาการของจิตรกรรมฝาผนังที่เขียนหรือซ่อมแซมใหม่ในแต่ละช่วงเวลาได้เป็นอย่างดีอีกด้วย

จุดที่น่าสนใจอีกจุดคือที่อุโบสถเก่าที่ภายในมีภาพเขียนจิตรกรรมฝาผนังเช่นกัน แต่มีสีที่สดยิ่งกว่า จากการสำรวจได้รับการบอกเล่าว่าเป็นภาพที่มีอายุร้อยกว่าปี และเนื่องจากดูแลรักษาเป็นอย่างดีทำให้ภาพยังมีสีสันที่สดใหม่ ด้านในมีพระพุทธบาทและพระพุทธรูปประดิษฐานอยู่

“หลวงพ่อเฉย” เป็นพระพุทธรูปหล่อสำริดทรงเครื่องกษัตริย์ ศิลปะสมัยอยุธยา ตามประวัติ เดิมทีหลวงพ่อเฉยในสมัยก่อนเป็นพระพุทธรูปประจำอยู่วัดสมรโกฏ ซึ่งเป็นวัดที่สร้างในยุคเดียวกับวัดใหญ่อินทาราม ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นวัดร้าง ทำให้หลวงพ่อเฉยต้องประดิษฐานประทับนั่งอยู่กลางแจ้งตากแดดและลมฝนอยู่นานหลายปี จึงได้ถูกเรียกว่าหลวงพ่อเฉย ต่อมาชาวบ้านจึงได้ประกอบพิธีอัญเชิญย้ายท่านมาอยู่ ณ วัดใหญ่อินทาราม

หลวงพ่อเฉย เป็นพระพุทธรูปที่มีบารมีอิทธิฤทธิ์ ชาวบ้านที่มีลูกเจ็บไข้ได้ป่วยเป็นประจำ มักจุดธูปเทียนถวายเป็นลูกหลวงพ่อเฉย โดยจะฉีกชายจีวรที่ห่มคลุมองค์หลวงพ่อไปผูกข้อมือเด็ก เด็กก็จะหายโรค หายภัย เลี้ยงง่าย เมื่อเห็นว่าผ้าเหลืองที่คลุมองค์หลวงพ่อถูกฉีกไปมากเข้า ชาวบ้านก็จะมีศรัทธานำจีวรมาห่มให้ใหม่อย่างไม่รู้จักจบสิ้น

หลวงพ่อเฉยประดิษฐานที่ศาลามหาราช ต้องเดินเข้าทางด้านหลังผ่านประตูรั้วเข้าไป พุทธศาสนิกชนส่วนมากจะไหว้หลวงพ่อเฉยองค์จำลองที่ด้านหน้า