ภายในหมู่บ้านญี่ปุ่นมีพื้นที่ไม่ใหญ่มากนัก โดยมิได้มีอาคารหรือบ้านญี่ปุ่นให้เห็น แต่โดยหลักจะเป็นสวน โดยสวนและศาลาญี่ปุ่นที่อยู่กลางหมู่บ้านนั้น ให้บรรยากาศร่มรื่นไม่ต่างกับที่ประเทศญี่ปุ่น เพียงแต่ย่อส่วนลงมามากกว่ามาก

สวนญี่ปุ่นแห่งนี้ออกแบบโดยนักออกแบบสวนชาวญี่ปุ่นชื่อ นายฮิโรฮิสะ นาคาจิมา บริษัท โซโก้ เทเอ็น เคนคิวจิทสึ ประเทศญี่ปุ่น ผู้มีชื่อเสียงและมีผลงานระดับนานาชาติ รูปแบบสวนเน้นความเป็นสวนญี่ปุ่นแท้ที่ดูสง่างาม สงบ เยือกเย็น มีองค์ประกอบที่สำคัญได้แก่ ศาลาญี่ปุ่น สำหรับนั่งชมทัศนียภาพแม่น้ำเจ้าพระยา สวนญี่ปุ่นแห่งนี้ สะท้อนให้เห็นทัศนียภาพของแม่น้ำและทะเลของประเทศญี่ปุ่น ช่วยให้ผู้มาเยี่ยมได้รู้จักวัฒนธรรมญี่ปุ่น ทั้งยังแสดงถึงความปรารถนาให้โลกมีสันติสุขมากยิ่งขึ้น

ในบริเวณหมู่บ้านญี่ปุ่น มีส่วนอาคารผนวกของ ศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา หรือ Ayutthaya Historical Study Centre ที่บอกเล่าความสัมพันธ์ระหว่างอยุธยากับต่างประเทศ การมาเยี่ยมชมเริ่มจากชมวีดีทัศน์ที่บอกเล่าถึงประวัติความเป็นมาของชาวญี่ปุ่นในอยุธยา จากนั้นจึงเดินเข้ามาในห้องนิทรรศการ ซึ่งเป็นโถงใหญ่  จัดแสดงความเป็นมาของกรุงศรีอยุธยาและเรื่องที่เกี่ยวข้องกับญี่ปุ่น จุดเด่นอยู่ที่ภาพวาดแผนที่กรุงศรีอยุธยาของชาวฮอลันดาที่อยู่กลางห้อง

การจัดแสดงภายในอาคารแบ่งออกเป็นส่วนๆ ได้แก่ ห้องวีดีทัศน์แนะนำนิทรรศการดังที่ได้กล่าวมาแล้ว แผนที่เส้นทางเดินเรือสันนิษฐานจากทางซีกโลกตะวันออก และซีกโลกตะวันตก มายังกรุงศรีอยุธยา แผนที่แสดงถึงความเจริญรุ่งเรืองของกรุงศรีอยุธยา การจัดแสดง–จำลองสินค้านำเข้าและส่งออกในสมัยอยุธยา ชุมชนชาวต่างชาติในกรุงศรีอยุธยา ชุมชนชาวญี่ปุ่น และตารางลำดับเหตุการณ์แสดงความสัมพันธ์ 600 ปี ไทย-ญี่ปุ่น