โบราณสถานซานเปโตรหรือเรียกในสมัยอยุธยาว่าโบสถ์เซนต์โดมินิค เป็นโบสถ์ในคณะโดมินิกัน นับเป็นโบสถ์แห่งแรกที่สร้างขึ้นในแผ่นดินไทยเมื่อปีพ.ศ. 2083 ตั้งอยู่ในบริเวณเกือบกึ่งกลางหมู่บ้านโปรตุเกส มีเนื้อที่ประมาณ 2,400 ตารางเมตร ยาวตามแนวทิศตะวันออกไปตะวันตกหันหน้าสู่แม่น้ำเจ้าพระยา ตัวอาคารแบ่งออกเป็นสามส่วน คือ ส่วนหน้าเป็นสุสาน ของชาวคาทอลิคคณะโดมินิกัน ส่วนกลางใช้ประกอบพิธีทางศาสนาและฝังศพบาทหลวง ส่วนในด้านหลังเและด้านข้างเป็นที่พักอาศัยและมีการขุดค้นพบโบราณวัตถุที่สำคัญได้แก่ โครงกระดูกมนุษย์ กล้องยาสูบ เหรียญกษาปณ์ เครื่องปั้นดินเผา เครื่องประดับกำไลแก้วและเครื่องประกอบพิธีทางศาสนาเช่น ไม้กางเขน เหรียญรูปเคารพในศาสนา ลูกประคำ

ในส่วนของสุสาน พบโครงกระดูกฝังอยู่ไม่ต่ำกว่า 200 โครง ฝังเรียงรายอย่างเป็นระเบียบและทับซ้อนกันหนาแน่นทั้งภายในและภายนอกอาคาร จากลักษณะการฝังของศพ อาจจะพบสรุปขอบเขตการฝังและสถานภาพของผู้ตายได้โดยแบ่งขอบเขตสุสานออกเป็น 3 ส่วน

ตอนที่ 1 ส่วนในสุดกลางตัวอาคารที่เป็นฐานโบสถ์ อาจเป็นโครงกระดูกของบาทหลวงหรือนักบวช เพราะส่วนใหญ่จะหันหน้าเข้าสู่ทิศตะวันตกหรือเข้าสู่แท่นประดิษฐ์รูปเคารพภายในโบสถ์

ตอนที่ 2 ส่วนนี้อาจเป็นผู้มีฐานะทางสังคมในค่ายโปรตุเกสสูงกว่าคนธรรมดาทั่วไป

ตอนที่ 3 นอกแนวฐานโบสถ์มีการฝังซ้อนกันมากถึง 3-4 โครง โครงกระดูกเหล่านี้มีทั้งที่อยู่ในสภาพสมบูรณ์และบางส่วนชำรุด พบว่ามีการทับซ้อนกันมากผิดปกติ น่าจะเกิดจากการเสียชีวิตในระยะเวลาใกล้เคียงกัน จากหลักฐานเอกสารประวัติศาสตร์ กล่าวถึงการเกิดโรคระบาดร้ายแรงในปลายแผ่นดินพระเพทราชาเมื่อปีพ.ศ. 2239 มีผู้คนล้มตายมาก และในปีพ.ศ. 2255 ในสมัยพระเจ้าอยู่หัวท้ายสระก็เกิดโรคระบาดอีกครั้งมีผู้คนล้มตายมาก อาจเป็นเหตุให้มีการขยายสุสานออกมาจากเดิม

บริเวณสุสานนี้ได้รับความเสียหาวคราวน้ำท่วมใหญ่ในปี พ.ศ. 2554 ทำให้สุสานได้รับความเสียหาย ปัจจุบันอยู่ในระหว่างการซ่อมแซม ซึ่งเมื่อซ่อมแซมเสร็จ ภาพสุสานที่มีโครงกระดูกวางเรียงต่อๆกันจะไม่มีอีกแล้ว เพราะจะย้ายขึ้นไปบนพื้นยกระดับที่สร้างขึ้นใหม่แทน ( ข้อมูลอัปเดตเมื่อปี 2013)

ตรงบริเวณทางเข้าด้านหลัง จะพบเห็นศาลพระภูมิที่เป็นไม้กางเขนมีลักษณะแปลกตาเพราะเป็นการผสมผสานคริสต์และไทยโบราณเข้าไปด้วยกัน ภายในศาลพระภูมิเป็นนักบุญตามความเชื่อทางศาสนาคริสต์