คาบสมุทรภาคใต้นั้น พบหลักฐานการอยู่อาศัยของกลุ่มชนตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ที่สำคัญ ได้แก่  ชนชาวน้ำและชนชาวถ้ำ โดยจะอาศัยอยู่บริเวณตามถ้ำเพิงผา และที่ราบหรือถ้ำตามแนวชายฝั่งทะเล จะดำรงชีพด้วยการจับสัตว์ หาของป่าต่างๆ พบหลักฐาน เช่น เครื่องปั้นดินเผา เครื่องมือหินต่างๆ และเครื่องนุ่งห่ม รวมไปถึงงานศิลปะ เช่น ภาพเขียนสีตามถ้ำ หรือเครื่องดนตรี เช่น ระนาดหิน และมีการเริ่มมีหลักฐานการติดต่อค้าขายและแลกเปลี่ยนวัฒนธรรมกับชุมชนภายนอกตั้งแต่ 2,000 – 3 ,000 ปีมาแล้ว โดยภายในห้องนี้ก็จะจัดแสดงเรื่องราว ของใช้ต่างๆ มาเรียบเรียงแสดงให้ผู้ที่เข้าชมพิพิธภัณฑ์ฯ

ห้องลูกปัดและเครื่องประดับ จะเป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับข้อมูลเบื้องต้นเกี่ยวกับลูกปัดและเครื่องประดับประเภทต่างๆ ที่มีการพบในภาคใต้ตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน ซึ่งจะประกอบไปด้วย วัสดุที่ใช้ทำลูกปัด วิธีการทำและการผลิตลูกปัดแก้ว วัสดุที่นำมาทำลูกปัดซึ่งเป็นหลักฐานที่แสดงให้เห็นถึงชุมชนโบราณในภาคใต้ว่าเป็นแหล่งผลิตลูกปัดที่สำคัญ โดยจัดแสดงตามรูปแบบและแหล่งโบราณคดีที่สำคัญในภาคใต้ที่พบลูกปัด ได้แก่ โบราณคดีเขาสามแก้ว จังหวัดชุมพร แหล่งโบราณคดีเขาศรีวิชัย ท่าชนะและท่าม่วง จังหวัดสุราษฎร์ธานี แหล่งโบราณคดีคลองราเมศวร์ (คลองท่าโพธิ์) จังหวัดนครศรีธรรมราช แหล่งโบราณคดีภูเขาทอง จังหวัดระนอง แหล่งโบราณคดีเหมืองทอง (ทุ่งตึก) จังหวัดพังงา แหล่งโบราณคดีควนลูกปัด จังหวัดกระบี่ และมีการจัดแสดงเครื่องประดับพบและใช้ในภาคใต้ เช่น ต่างหู ปิ่น กำไล เข็มขัด สร้อย ฯลฯ

ห้องมีดและศาสตราวุธ จะจัดแสดงเครื่องมือและเครื่องใช้ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ที่ทำขึ้นจากวัสดุธรรมชาติ โดยเฉพาะประเภทหิน โดยถูกนำมาดัดแปลงเป็นเครื่องมือในการสับ ตัด เช่น  ขวานหิน ขวานหินขัด ขวานหินยาว เป็นต้น โดยจะจัดแสดงเครื่องมือ เครื่องใช้และะอาวุธประเภทต่างๆ ที่สะท้อนให้เห็นถึงวิถีชีวิต การดำลงชีวิต

ห้องอาชีพหลัก จะจัดแสดงเรื่องราวเกี่ยวกับอาชีพที่พบในภาคใต้ ได้แก่ การทำนา การทำเหมืองแร่ การทำสวนยางพารา และการทำสวนปาล์มน้ำมัน

การทำนานในภาคใต้ แม้ว่าลักษณะภูมิประเทศของภาคใต้จะมีลักษณะเป็นคาบสมุทรประกอบไปด้วยเทือกเขาจึงทำให้มีลักษณะพื้นที่ราบแคบๆ แต่ก็เป็นพื้นที่ที่อุดมสมบูรณ์ มีแม่น้ำไหลตลอดทั้งปี จึงทำให้สามารถปลูกข้าวได้อย่างดี

การทำเหมืองแร่ เป็นอุตสาหกรรมที่พบในภาคใต้มาอย่างยาวนานตั้งแต่สมัยรัตนโกสินทร์ โดยเฉพาะทางฝั่งตะวันตกของภาคใต้ในเขตจังหวัดพังงา ภูเก็ต

การทำสวนยางพารา โดยเริ่มแรกมีการนำต้นยางรุ่นแรกเข้ามาปลูกภาคใต้ครั้งแรกเพื่อบุกเบิกการทำอาชีพสวนยาง เมื่อ พ.ศ.2442 ที่อำเภอกันตัง จังหวัดตรัง โดยพระยารัษฎานุ-ประดิษฐมหิศรภักดีแล้ว ก็เลยทำให้ต้นยางกลายเป็นพืชเศรษฐกิจที่สำคัญของภาคใต้ และมีการขยายพื้นที่เพื่อทำเป็นสวนยางอย่างกว้างขวาง โดยนำผลผลิตมาใช้เป็นผลิตภัณฑ์ต่างๆ เช่น ยางรถยนต์ ถุงมือ เครื่องใช้ต่างๆ

ห้องเครื่องมือจับสัตว์ จะเป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับเครื่องมือที่ใช้ในการดำรงชีวิตในการจับสัตว์ทั้งสัตว์น้ำและสัตว์บก โดยรูปร่างของเครื่องมือก็จะแตกต่างกันไปตามหน้าที่การใช้งาน โดยเครื่องมือที่นำมาแสดงก็จะแสดงให้เห็นถึงภูมิปัญญาในการคิดค้น การประดิษฐ์เครื่องมือต่างๆ สำหรับการใช้กับสัตว์แต่ละชนิดและเหมาะกับสภาพแวดล้อม

ห้องเครื่องปั้นดินเผา เป็นห้องที่จะจัดแสดงแบบจำลองการทำภาชนะดินเผา กระเบื้องดินเผา และขั้นตอนการทำภาชนะดินเผาตั้งแต่กระบวนการการเตรียมดิน และจนถึงออกมาเป็นผลิตภัณฑ์ นอกจากนี้ยังจำลองรูปแบบเตาเผาที่มีการขุดพบทางโบราณคดี และจัดแสดงเครื่องปั้นดินเผาที่พบในภาคใต้ตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์จนถึงปัจจุบัน โดยมีทั้งภาชนะดินเผาของภาคใต้เอง เช่น ภาชนะดินเผาที่พบจากแหล่งโบราณคดีสมัยก่อนประวัติศาสตร์ เครื่องปั้นดินเผาจากเตาคลองปะโอ และภาชนะต่างถิ่น เช่น ภาชนะดินเผาที่ผลิตจากเตาแม่น้ำน้อยจังหวัดสิงห์บุรี เป็นต้น

ห้องผ้าทอพื้นเมืองภาคใต้ ในภาคใต้นั้น มีหลักฐานทางโบราณคดีและทางประวัติศาสตร์ที่แสดงให้เห็นว่า กลุ่มชนที่อาศัยอยู่ในบริเวณนี้มีพัฒนาการด้านการทอผ้ามานานกว่า 3,500 – 4,500 ปี การทอผ้าในภาคใต้ของไทยในช่วง 1,500-1,000 กว่าปีที่ผ่านมา มีพัฒนาการทางด้านการทอผ้าก้าวหน้าไปมาก มีการใช้สีย้อมเส้นใยที่จะใช้ทอผ้าสีต่างๆ มีกระบวนการเตรียมเส้นยืนและเส้นพุ่ง ยิ่งไปกว่านั้นคือมีการคิดค้นเครื่องมือ คือ หูก หรือ กี่ ที่ใช้สำหรับทอผ้า เป็นเทคนิคในการเก็บตะกอลายผ้า ทำให้ผ้าที่ทอมีลวดลายดอกที่สวยงามมากๆ และยังจัดแสดงผ้าทอของภาคใต้ เช่น  ผ้ายกเมืองนคร ผ้าทอเกาะยอ ผ้าทอพุมเรียง เป็นลักษณะที่เก็บรายละเอียดอย่างสวยงาม

ห้องวัฒนธรรมมะพร้าว เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับการใช้ประโยชน์จากต้นมะพร้าว ซึ่งเป็นการแสดงให้เห็นถึงความสำคัญของมะพร้าวและการเชื่อมโยงกับวิถีชีวิตของผู้คน จัดแสดงให้เห็นถึงการใช้ประโยชน์จากมะพร้าวได้ตั้งแต่ ยอด ใบ ก้าน ทางมะพร้าว จึงทำให้เกิดการประดิษฐ์เครื่องมือที่ใช้สำหรับมะพร้าว เช่น  เหล็กขูดหรือกระต่ายขูดมะพร้าว เป็นต้น

ห้องศิลปหัตถกรรม เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับความสุนทรีย์ของคนในภาคใต้ ในการสร้างสร้างสรรค์งานช่างต่างๆ แสดงให้เห็นถึงจินตนาการและความสามารถในการถ่ายทอดผลงานต่างๆ เช่น เครื่องใช้ในครัวเรือน ส่วนประกอบที่ใช้ตกแต่งอาคารบ้านเรือน วัด และเรือกอและ เป็นต้น

ห้องการจัดการศึกษา จะจัดแสดง 4 หัวข้อ ได้แก่  หัวข้อแรก การจัดการศึกษาตามประเพณีของไทยภาคใต้ ก่อนสมัยรัชกาลที่ 5 แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ หัวข้อที่สอง การจัดการศึกษาในช่วงต้นรัชกาลที่ 5 หัวข้อที่สาม การจัดการศึกษาในภาคใต้ตั้งแต่ พ.ศ.2441 และหัวข้อสุดท้าย หัวข้อที่สี่ การจัดการศึกษาของสังคมไทยมุสลิมในภาคใต้

ห้องนันทนาการ เป็นห้องที่จะจัดแสดงเกี่ยวกับกีฬา กิจกรรม  นันทนาการของคนในภาคใต้ ทั้งไทยพุทธ และไทยมุสลิม เป็นกิจกรรมที่คลายความเครียดและพักผ่อนของชาวภาคใต้ ซึ่งสะท้อนความสามัคคี ความสร้างสรรค์ของชาวภาคใต้

ห้องวัฒนธรรมเครื่องประทีป เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับการใช้เครื่องประทีปหรือเครื่องตามไฟ ซึ่งในสมัยก่อนจะเป็นการจุดไฟจากไขได้จากพืชหรือสัตว์ที่มีอยู่ตามธรรมชาติ จนกระทั่งมีการรู้จักใช้น้ำมันในการจุดไฟเพื่อให้แสงสว่างจนกระทั่งเป็นหลอดไฟฟ้าที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน

ห้องวัฒนธรรมเครื่องแก้ว เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับเครื่องแก้ว ซึ่งเป็นโบราณวัตถุชนิดหนึ่งที่พบมากในแหล่งโบราณคดีภาคใต้ มีทั้งเครื่องประดับ เช่น กำไล ลูดปัด  เศษภาชนะแก้ว และขวดแก้ว

ห้องวัฒนธรรมเครื่องโลหะและโลหัช เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับวัฒนธรรมการใช้เครื่องโลหะในภาคใต้ ซึ่งเป็นเครื่องมือเครื่องใช้ ที่พบในแหล่งโบราณคดีในภาคใต้

ห้องวิถีชีวิตชาวใต้ เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับวิถีชีวิต ความเชื่อ ประเพณีต่างๆของชาวภาคใต้ ที่สะท้อนให้เห็นถึงความเป็นชาวภาคใต้ได้อย่างชัดเจน