ภายในพิพิธภัณฑ์หอฝิ่นประกอบไปด้วย 15 นิทรรศการ ดังนี้

อุโมงค์มุข เป็นนิทรรศการที่เริ่มตั้งแต่อุโมงค์ที่มืดสนิท มีความยาวถึง 137 เมตร เป็นบรรยากาศที่ดูลึกลับ โดยจะมีการเจาะทะลุภูเขาด้านตึกรับรองไปถึงตัวอาคารใหญ่อีกฝั่งหนึ่งที่เป็นการจำลองเป็นทุ่งฝิ่น

ห้องโถง เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับพันธุ์ต่างๆของดอกป๊อปปี้ ทั้งพันธุ์ที่สวยงามและพันธุ์ที่เอาไว้ใช้กรีดยางมาผลิตเป็นยา และก็มีทุ่งจำลองฝิ่น

ห้อง AUDITORIUM เป็นห้องที่ฉาย VTR ที่เป็นเรื่องเกี่ยวกับการจัดหอฝิ่น

โซนปัญจสหัสวรรษแรก เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับประวัติศาสตร์ของการกำเนิดฝิ่น

โซนมีดสองคม จะเป็นโซนที่ถูกออกแบบให้เป็นสองฝั่งที่แสดงให้เห็นทั้งด้านดีและด้านร้ายจากการใช้ฝิ่น

โซนประจิมสู่บูรพา เป็นโซนที่จัดแสดงยุคของการค้าระหว่างจักรวรรดิยุโรปกับเอเชีย ที่ฝิ่นนั้นกลายเป็นสินค้าเชิงพาณิชย์ และยังกลายเป็นสารเสพติดที่แพร่หลาย

โซนศึกยาฝิ่น เป็นโซนที่จัดแสดงเรื่องราวของสงครามฝิ่น ที่ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่จะมีการจัดแสดงหุ่นจำลอง 3 บุคคลสำคัญของจีน และ 3 บุคคลสำคัญของอังกฤษ  และ 3 เหตุการณ์สำคัญ ได้แก่ การทำลายฝิ่นที่หูเหมิน การเผาทำลายหยวนหมิงหยวน พระราชวังฤดูร้อนอายุกว่า 150 ปี และการถูกลิดรอนสิทธิและผลกระทบด้านความเป็นอยู่ของชาวจีนหลังสงคราม

โซนฝิ่นในสยาม เป็นโซนที่จัดแสดงการจำลองโรงน้ำชาจีนในเยาวราช เล่าเรื่องราวความเป็นมาของฝิ่นในสยาม ที่มีหลักฐานว่าคนไทยรู้จักฝิ่นมาตั้งแต่สมัยรัชกาลที่ 1

โซนยามหัศจรรย์  เป็นโซนที่จัดแสดงพัฒนาการทางวิทยาศาสตร์ของตะวันตกที่นำไปสู่การแยกตัวของยาเสพติดต่างๆ

โซนข้อห้ามทางกฎหมาย อาชญากรรม การขัดแย้ง ในช่วงทศวรรษที่ 20 ยาเสพติดเป็นสิ่งผิดกฏหมายที่อยู่ภายใต้องค์การอาชญากรรม

โซนแหล่งซุกซ่อน เป็นโซนที่จัดแสดงที่ทพให้รู้เท่าทันของการซุกซ่อนยาเสพติด

โซนผลร้ายของยาเสพติด เป็นโซนจัดแสดงให้เห็นถึงผลร้ายของยาเสพติดที่กระทบกันอย่างต่อเนื่อง ทั้งด้านเศรษฐกิจด้านสังคม และตัวผู้เสพ

โซนการศึกษา เป็นโซนจัดแสดงกรณีศึกษาจริงของครอบครัวที่ตกเป็นทาสยาเสพติดว่าต้องประสบชะตากรรมอย่างไรบ้าง

โซนหลอกตัวเองหลอกคนอื่น เป็นโซนที่ จัดแสดงเรื่องราวเกี่ยวกับการแก้ต่าง

โซนห้องคิดคำนึง ผู้ชมจะได้มีโอกาสอยู่กับตัวเองและตั้งคำถามเกี่ยวกับประสบการณ์ทั้งหมดที่ได้รับจากการชมนิทรรศการแห่งนี้