พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พาณิชย์นาวี เป็นอาคารแฝด 2 ชั้นตั้งอยู่บริเวณโบราณสถานค่ายเนินวง โดยภายในพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติ พาณิชย์นาวี ได้แบ่งการจัดแสดงออกเป็น 6 ห้อง
ห้องจัดแสดงสินค้าและวิถีชีวิตชาวเรือ
ห้องจัดแสดงสินค้าและวิถีชีวิตชาวเรือ เป็นห้องที่จัดแสดงเกี่ยวกับเรื่องการพาณิชย์นาวีในสมัยโบราณ เส้นทางการเดินเรือ เมืองท่าโบราณ สินค้า ใช้เรือสำเภาจำลองขนาดเท่าเรือสำเภาขนาดจริง และแสดงสภาพความเป็นอยู่ในเรือที่เปรียบเสมือนบ้านของพวกเขา นอกจากนี้ยังได้จัดแสดงของมีค่า เช่น จี้ทองคำฝังพลอยแดงและกำไลข้อมือทองคำ



ห้องแนะนำปฏิบัติการโบราณคดีใต้น้ำ
ห้องแนะนำปฏิบัติการโบราณคดีใต้น้ำ เป็นห้องที่จะแสดงเรื่องเกี่ยวกับเทคนิคการทำงานโบราณคดีใต้น้ำ โดยจะเริ่มตั้งแต่ว่าโบราณคดีใต้น้ำคืออะไร แตกต่างจากโบราณคดีบนบกอย่างไร และจำลองสภาพจริงของแหล่งโบราณคดีใต้น้ำ วิธีการทำงานๆ ไปจนถึงเครื่องมือต่างๆ ที่ใช้ปฏิบัติงานจริง
ห้องคลังเก็บโบราณวัตถุ
ห้องคลังเก็บโบราณวัตถุ เป็นห้องที่แสดงให้เห็นถึงการเก็บรักษาโบราณวัถุภายในพิพิธภัณฑ์
ห้องจัดแสดงเรือและวิถีชีวิตชาวเรือ
ห้องจัดแสดงเรือและวิถีชีวิตชาวเรือ จะจัดแสดงว่าเรือในประเทศไทยมีเรือชนิดใดบ้าง เรือแบบไหนใช้กับแถบไหน จะจัดแสดงโดยเรือจำลองขนาดย่อส่วน


ห้องของดีเมืองจันท์
ห้องของดีเมืองจันท์ เป็นห้องที่จะบอกว่าเมืองจันทบุรีนั้นมีความเป็นมาอย่างไร ตั้งแต่ยุคก่อนประวัติศาสตร์และยุคประวัติศาสตร์ที่จันทบุรีการก่อตั้งเมือง เหตุการณ์สำคัญและเรื่องของชนเผ่าพื้นเมืองดั้งเดิมของจันทบุรี รวมไปถึงสถานที่ท่องเที่ยวทางธรรมชาติ สถานที่ท่องเที่ยวทางวัฒนธรรม ของดีต่างๆของจันทบุรี
ห้องบุคคลสำคัญ
ห้องบุคคลสำคัญ จะเป็นห้องที่เอาไว้จัดแสดงพระราชประวัติของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช เรื่องราวการทำสงครามเสียกรุงศรีอยุธยา ครั้งที่ 2 เส้นทางการเดินทับในตอนที่มารวมกันที่จันทบุรี เพื่อที่จะเชิดชูพระมหาวีรกรรมของพระองค์